Согласно решению Президиума ВАС по делу № А07-54818/05, инспекция не вправе отказать фирме в вычете по НДС на том основании, что налог уплачен за счет средств целевого бюджетного финансирования. Дело в том, что в 2005 году некая уфимская компания закупила в Германии запчасти. При ввозе их на российскую таможенную территорию фирма уплатила НДС за счет сумм, полученных из городского бюджета, после чего предъявила налог к вычету. Однако налоговики посчитали, что оплата таможенных платежей, включающих, в том числе, налог на добавленную стоимость, за счет целевого бюджетного финансирования не свидетельствует о реально понесенных предприятием затратах. В итоге компанию оштрафовали, а также доначислили налог и пени. Суды первой и кассационной инстанций соглавились с ИФНС, однако высшие арбитры указали, что правовая природа денежных средств, которыми уплачиваются таможенные платежи, и в том числе НДС, не влияет на право налогоплательщика на вычет. Таким образом, решение инспекции было признано недействительным.