Как сообщил Минфин РФ в письме от 24 сентября 2008 г. N 03-11-04/2/147, это связано с тем, что их учредителем является муниципальное образование, которое не является организацией, и имущество муниципального унитарного предприятия не распределяется по вкладам (паям, долям). Сравните: организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%, не могут применять УСН, а с 1 января 2009 года — не могут признаваться и налогоплательщиками ЕНВД.