В компетенцию отдельных министерств и федеральных агентств включены полномочия по разработке (только министерства) и реализации мер поддержки субъектов малого и среднего предпринимательства, включая утверждение и выполнение соответствующих ведомственных целевых программ (постановление Правительства РФ от 13 октября 2008 г. № 753). Так, указанными полномочиями наделены Минобрнауки России, Роснаука, Росводресурсы, Рослесхоз, Рособразование, Роспечать, Роснедра, Росинформтехнология, Россвязь, Минздравсоцравития России, Росморречфлот, Росавтодор, Минтранс России, Росавиация, Росжелдор, Ростуризм, Минрегион России, Минэнерго России, Минприроды России, Минкультуры России, Минспорттуризм России, Росмолодежь, Минкомсвязь России, Минпромторг России, Росрыболовство, Минсельхоз России.