Учет операций со средствами бюджетов осуществляется на единых счетах бюджетов, открытых органам Федерального казначейства отдельно для каждого бюджета в учреждениях Банка России (приказ Федерального казначейства от 10 октября 2008 г. № 8н). Кассовые выплаты из бюджета производятся органом Федерального казначейства на основании платежных документов, представленных в орган Федерального казначейства, в порядке очередности их представления и в пределах фактического наличия остатка средств на едином счете бюджета. Все операции по кассовым поступлениям и кассовым выплатам проводятся и учитываются органом Федерального казначейства на едином счете бюджета по кодам бюджетной классификации РФ. Функции финансовых органов субъектов РФ и муниципальных образований по исполнению соответствующих бюджетов осуществляются органами Федерального казначейства на основании соглашений между ними и высшими исполнительными органами государственной власти субъектов РФ (местными администрациями муниципальных образований). Приказ вводится в действие с 1 января 2009 года.